传播途径主要是通过人群间的密切接触进行传播的。患者咽喉分泌物及唾液中的病毒,可通过空气飞沫传播。唾液、疱疹液、粪便污染的手、毛巾、手绢、牙杯、玩具、食具、奶具以及床上用品、内衣等，通过日常接触传播，亦可经口传播。
与患者同一室最易感染。接触被病毒污染的水源，也可经口感染，并常造成流行。门诊交叉感染和口腔器械消毒不严也可造成传播。
易感人群人对CoxAl6及EV71型肠道病毒普遍易感，受感后可获得免疫力，手足口病的患者主要为学龄前儿童，尤以≤3岁年龄组发病率最高，4岁以内占发病数85%—95%。
流行方式本病常呈暴发流行后散在发生，该病流行期间，幼儿园和托儿所易发生集体感染。家庭也有此类发病集聚现象。医院门诊的交叉感染和口腔器械消毒不严格，也可造成传播。此病传染性强，传播途径复杂，流行强度大，传播快，在短时间内即可造成大流行。
