吐峪沟千佛洞自２００４年４月２６日正式向游客开放以来，多次发生山体滑坡、坍塌、木栈道损毁等安全问题。２００７年吐峪沟峡谷中的防洪坝被洪水冲毁，所幸没有造成人员伤亡。经文物部门认真排查，发现吐峪沟千佛洞目前存在落石、山体滑坡、洞窟坍塌、木栈道损毁等２０余处安全隐患，且危险程度进一步加大。
为保证游客参观安全，防止安全事故发生；同时，也为了进一步做好该遗址申报世界文化遗产的前期准备和保护工作，当地文物部门决定：暂时关闭吐峪沟千佛洞，集中人员和力量进行文物本体的保护、加固及环境整治，待条件成熟后再对外开放。
从新疆吐鲁番文物局了解到，此次暂停开放的只有千佛洞一处景点，吐峪沟其他景点仍旧正常对游客开放。
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